En los límites de San Luis Jilotepeque y San Pedro Pinula, existe un sitio arqueológico conocido como El Durazno. Antonio Goubaud Carrera lo visitó en 1944 y efectúo un croquis que parece ser la primera aproximación hacia su estudio. El sitio estaba lleno de siembras, maleza y árboles, pero pudo identificar varias estructuras, un campo de juego de pelota y patios empedrados en un poblado al que atribuyó influencia tolteca.

“No sé quién lo haya construido, ni cuándo fue construido, ni cuáles fueron sus relaciones históricas o étnicas”, confiesa Goubaud. Y prosigue: “por su situación en posición estratégica, probablemente pertenezca a la época histórica, a la que pertenecen tantos otros sitios arqueológicos del país, construidos también en sitios estratégicos. Las pirámides gemelas tal vez den un indicio de la influencia tolteca en este sitio”. 

El investigador guatemalteco hacía referencia a las poblaciones guatemaltecas que hicieron contacto con los conquistadores europeos. El estadounidense Gillin también encontró otros sitios arqueológicos en las inmediaciones, con restos de astillas de obsidiana y de cerámica. “Con base en las evidencias generales, podríamos esperar que la región hubiese estado comprendida dentro del área de alta cultura guatemalteca”, concluye el antropólogo. De lo consignado por ambos investigadores y de acuerdo a posteriores estudios, las montañas y los valles de Jalapa fueron lugares de numerosos asentamientos prehispánicos y de intensas relaciones comerciales. 

En un campo más especulativo, hay quienes afirman que la región estaba comprendida en los dominios del legendario líder de Mictlán (hoy Asunción Mita). Otros se aventuran a asegurar un origen verapacense. Menos especulación hay en lo referente a la conquista. Se sabe que las tropas españolas estaban comandadas por el capitán de caballería Pedro Núñez de Mendoza, el teniente Alonso Larios, el capitán Hernando de Chávez y el capitán Pedro Amalín. Llegaron a la región en abril de 1530, con su ejército de cincuenta jinetes, veinte arcabuceros y cien auxiliares tlascaltecas (mexicanos). Los españoles concedieron importancia a las poblaciones de Jalapa y de San Luis Jilotepeque, que fueron asignados como cabezas de curatos. Los actuales poblados jalapanecos formaban parte en la época hispánica del Corregimiento de Chiquimula de la Sierra. La población indígena tuvo una defensa permanente de sus territorios, que siempre fueron deseados por los pardos y por los ladinos blancos. 

Los valles de Jalapa siempre fueron bien apreciados por los centros de poder político del reino de Guatemala. Cuando la ciudad de Santiago de Guatemala fue destruida por los terremotos de Santa Marta en 1773, uno de los lugares visitados para inspeccionar sus cualidades y dar asiento a la nueva capital fue precisamente Jalapa. Una comisión en la que participaba el maestro Bernardo Ramírez, elogió su clima benigno y las cualidades del valle. Sin embargo, la escasez de agua incidió para que la nueva capital se ubicara en su sitio actual, el valle de La Ermita o de Las Vacas. 

Con la Independencia Jalapa formó parte del Distrito Cuatro, departamento de Chiquimula, con su propio circuito formado, además del poblado de Jalapa, por Sansaria (el actual Sansare), Santo Domingo, (San Pedro) Pinula y (San Luis) Jilotepeque. 

En 1839 Jalapa fue incluida en la jurisdicción de Mita, pero sólo nueve años después formó un distrito separado. La emancipación no duró mucho porque en 1857, Jalapa, Santo Domingo y Pinula, pasaron a ser parte de Jutiapa. Finalmente, el departamento de Jalapa fue establecido en tiempos de la Reforma Liberal, el 24 de noviembre de 1873. A partir de ahí, municipios más y municipios menos, fue definiéndose la jurisdicción político administrativa actual, la que terminó por definirse únicamente hasta mediados del siglo XX.